Diluvio de datos de ADN

La computación, no la secuencia, es ahora el aspecto más lento y de mayor costo en investigación genómica.

(Crédito: Filip Federowicz (filu))

Un diluvio de información genética está siendo generado mucho más rápido que la capacidad de las computadoras actuales de procesarla y convertirla así en información útil, alertaron expertos en bioinformática de la Universidad Johns Hopkins.

La fuente: el aumento asombroso de la velocidad y el derrumbe en el precio de las máquinas secuenciadoras de ADN, que cortan hebras extremadamente largas de componentes bioquímicos y las convierten en segmentos más manejables.

Pero estos secuenciadores no proporcionan información biológica importante que los investigadores “puedan leer como un libro”, indicó Michael C. Schatz, profesor de biología cuantitativa, y Ben Langmead, profesor de ciencia de la computación.

“En su lugar, los secuenciadores generan algo como una pila enorme de periódicos hechos trizas, sin ninguna organización en sus fragmentos. Esa pila es demasiado grande como para realizar el trabajo manualmente, por lo que el problema de organización de los fragmentos debe realizarse a través de programas de cómputo”.

He allí el problema, indican Schatz y Langmead. Indican que “los avances en estos programas de cómputo no han mantenido el mismo paso que tienen los secuenciadores”.

“La computación, no la secuencia, es ahora el aspecto más lento y más caro de la investigación genómica”, indicaron.

Langmead, en su propia investigación, trabaja para encontrar un remedio. “La batalla se está dando en dos frentes”, dijo. “Necesitamos algoritmos que sean más inteligentes en solucionar problemas de datos, y necesitamos más poder de computación”.

En cuanto al último punto, dijo Langmead, los científicos podrían quizá realizar un trabajo más rápidamente utilizando centros de nube de cómputo, como las que dirige Amazon y “rentar” este tipo de sistemas.

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