Hacia un nuevo modelo celular

Convertir las grandes cantidades de información genómica en información útil para el estudio de la célula constituye un gran reto para la bioinformática, con grandes implicaciones para la biología y medicina.

Parte de la ontología extraída de red (NeXO), ontología jerárquica de genes, componentes celulares y procesos derivados de grandes cantidades de información genómica. La ontología se muestra aquí como árbol, con nodos indicando términos y bordes indicando relaciones de jerarquía entre términos. El tamaño del nodo indica el número de genes asignados a un término. El color representa el grado de correspondencia a un término en la Ontología de Genes (GO) tal y como lo determina la alineación ontológica, con etiquetas en la alineación de alto nivel. (Crédito: UC San Diego School of Medicine)

Investigadores de Universidad de California, Escuela de Medicina de San Diego, han propuesto un nuevo método de “ontología extraída de la red” (NeXO) que crea un modelo computacional de la célula a partir de grandes redes de interacciones entre genes y proteínas, descubriendo así la manera en que genes y proteínas se conectan para formar una máquina celular de más alto nivel.

“Nuestro método crea una ontología, o una especificación de todos los componentes principales en la célula y la interrelación entre ellos”, indicó Janusz Dutkowski. Utiliza el conocimiento sobre como interactúan entre sí genes y proteínas y automáticamente organiza esta información para formar un catálogo muy completo de funciones y componentes celulares, así como los procesos que se dan.

“Lo que es nuevo en nuestra ontología es que se crea automáticamente a partir de grandes grupos de datos. De esta manera, vemos no solamente lo que ya sabemos, sino potencialmente también nuevos componentes y procesos biológicos  -las bases para nuevas hipótesis”, dijo Dutkowski.

Originalmente usadas por filósofos con la intención de explicar la naturaleza de la existencia, las ontologías ahora son ampliamente utilizadas  para encapsular de manera jerárquica todo lo que se sabe sobre un tema. Sistemas inteligentes de información, tales como Siri, de iPhone, se construyen sobre ontologías para permitir el razonamiento acerca del mundo real.

Las ontologías también son utilizadas por científicos para estructurar el conocimiento sobre áreas tales como taxonomía, anatomía y desarrollo, compuestos bioactivos, enfermedad y diagnosis clínica.

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